Pada 2011, Program Studi Kedokteran dikukuhkan sebagai Fakultas (FKIK) dengan 1 (satu) Prodi, yaitu Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD), mencakup Pendidikan Akademik (Sarjana Kedokteran) dan Pendidikan Profesi (Dokter). FKIK Unwar mengalami perubahan Organisasi dan Tata Kelola (OTK) berdasarkan SK Yayasan No.645/YAS.KORPS/IX/2011, tanggal 23 September 2011. Namun dalam perkembangan selanjutnya, terjadi perubahan Strukur Organisasi FKIK yang ditandai dengan keberadaan Bagian dan Unit-Unit di Bawah Dekan. Pada akhir 2018, sesuai tuntutan pengembangan intistusi, telah dilakukan perubahan organisasi dan tata-kelola dengan Struktur Organisasi seperti terlihat pada bagan di bawah ini.

Keterangan :

UPMF: Unit Penjaminan Mutu Fakultas

UP2M: Unit Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat

Puskespar: Pusat Kedokteran Pariwisata

MEU: Medical Education Unit

WMJ: Warmadewa Medical Journal

GKM: Gugus Kendali Mutu

GPPM: Gugus Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat

CSL: Clinical Skill Lab

Tugas dan tanggungjawab Pengurus Program Studi telah diatur dan ditetapkan dalam SK Rektor tentang tugas pokok dan fungsi (Tupoksi) pejabat struktural Program Studi. Tugas pokok dan fungsi unit kerja Program Studi Kedokteran lebih detail diuraikan pada Buku Organisasi dan Tata Kerja Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Warmadewa.